Gemeenten zijn verantwoordelijk voor het lokale gezondheidsbeleid. Om dit goed te doen stelt de Wet Publieke Gezondheid dat de gemeente daartoe op epidemiologische analyse gebaseerd inzicht moet hebben in de gezondheid van de bevolking. 
De GGD voert daarom jaarlijks onderzoeken uit om diverse aspecten van de gezondheid van diverse groepen in de bevolking in beeld te brengen.
Deze onderzoeken zijn niet alleen relevant voor de gemeenten. Ook scholen, de GGD zelf en andere lokale of regionale instellingen gebruiken deze informatie om hun beleid te vormen, te toetsen of bij te sturen.
Vierjaarlijks
De hoofdlijn van de epidemiologische onderzoeken wordt gevormd door de vierjaarlijkse monitorcyclus. Ieder jaar onderzoeken we een andere doelgroep: kinderen, jongeren, volwassenen en ouderen. Door deze cyclus te herhalen, kunnen we ontwikkelingen in gezondheid en gezondheidsrisico's volgen in de tijd. GGD Regio Nijmegen voert deze monitoronderzoeken uit in nauwe samenwerking met de andere GGD'en in Oost-Nederland en overeenkomstig de landelijke standaarden van de Lokale en Nationale Monitor.
Eén keer in de vier jaar brengt de GGD alle beschikbare informatie uit de monitorcyclus, maar ook uit andere bronnen, bij elkaar in een zogeheten gezondheidsprofiel. Dat gezondheidsprofiel dient als basisinformatie voor de gemeenten bij het opstellen van hun nota lokaal gezondheidsbeleid.
Ander onderzoek
Naast de vierjaarlijkse onderzoekscyclus voert GGD Regio Nijmegen ook op andere terreinen onderzoek uit. Zo verzamelen we via de individuele onderzoeken van de afdeling Jeugdgezondheidszorg ook epidemiologische informatie over kinderen en jongeren. Daarnaast voeren we onderzoeken uit ter informatie en ondersteuning van afdelingen en/of projecten binnen de GGD.
AMPHI
De Academische Werkplaats AMPHI doet onderzoek om de publieke gezondheidszorg te kunnen verbeteren. Dit onderzoek richt zich met name op infectieziektenbestrijding en op integraal Gezondheidsbeleid. Bij dit onderzoek wordt zo veel een koppeling gemaakt tussen praktijk (GGD), beleid (gemeenten) en wetenschap (univerisiteit), waarbij vragen die leven in praktijk en beleid centraal staan.